GenoMik-Transfer - Anwendungsorientierte Genomforschung an Mikroorganismen
 
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ProkaGENOMICS 2015
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Neue Broschüre: Facetten der Genomforschung
Wissenschaftler entschlüsseln die Baupläne des Lebens (pdf; 12,3 Mb)
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Verbundprojekt: IPG
 
Integrierte Phänotyp-/Genotyp-Plattform zur Identifizierung verborgener genetischer Targets und Targetkombinationen
Laufzeit: 01.12.10-30.11.13
Verbundkoordinator: Stephan Hans, Evonik Industries AG, Halle/Westfalen
Projektpartner: (alphabetische Reihenfolge)
   Dr. Christopher Bauser, GATC Biotech GmbH
   Dr. Hans Peter Fischer, Genedata Bioinformatik GmbH
    Stephan Hans, Evonik Industries AG
   Dr. Jörn Kalinowski, Universität Bielefeld

      Übersicht Teilprojekte


Vor über einem Jahrzehnt wurde bereits die Bedeutung der Genomsequenzen von industriell relevanten Organismen erkannt [1]. Nachdem zuerst die Genomsequenzen der Typstämme aufgeklärt wurden, folgte die Sequenzierung der Produktionsstämme. Diese zeigten oft mehrere hundert Mutationen im Vergleich zur Typstamm-Sequenz. Nach heutigem Stand der Technik existiert keine Methode, mit der die für den Produktionsphänotyp relevanten Mutationen identifiziert und von dem komplexen Hintergrund der Produktionsphänotyp-irrelevanten oder sogar -nachteiligen Mutationen unterschieden werden können.

Die "Integrierte Phänotyp-Genotyp" (IPG) Plattform versucht, für dieses Problem eine methodische Lösung zu finden. Um dieses Ziel zu erreichen, wird eine Hochdurchsatz-Plattform aufgebaut und auf genetisch unterschiedliche C. glutamicum-Stammgenealogien angewendet. Wir gehen davon aus, dass für die statistisch abgesicherte Identifikation von komplexen Mutationsereignissen eine Vielzahl valider Genotyp- und Phänotypdatensätze, basierend auf verschiedenen Produktionsstamm-Mutanten, erforderlich ist. Alle Daten werden im Rahmen des Projektes erhoben und benutzt, um systematisch und statistisch fundiert kombinierte produktions-relevante Mutationsprofile in komplexen genetischen Hintergründen zu identifizieren und zu charakterisieren.

Die Projektziele sind: i) Genotyp- und Phänotypinformationen zu integrieren, ii) im Großmaßstab Stammvergleiche auf Genotyp- und Phänotyp-Basis durchzuführen, iii) "Hot-Spots" von Mutationen zu identifizieren und iv) innovative Targets zur Eliminierung metabolischer "bottlenecks" aufzuzeigen.

Referenzen:

[1] Kalinowski J, et al. , J Biotechnol. 2003 Sep 4;104(1-3):5-25.